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注册一百万的公司实际缴纳的税费取决于公司的业务类型、所在地区、税务政策等多种因素。以常见的几种税种为例。
1、企业所得税：针对公司的利润进行征税，税率根据公司的年度应纳税所得额而定，如果公司注册一百万，但利润不高，可能只需缴纳较少的所得税，如果年度应纳税所得额不超过100万元，实际税率可能在5%左右，但具体金额仍需根据公司的盈利状况来确定。
2、增值税：针对商品销售、服务提供等增值部分征税，具体税额取决于提供的服务或销售的商品是否应税以及销售额是多少，小规模纳税人的增值税税率通常为销售额的3%，但具体金额还需视销售额而定，一般纳税人根据行业不同，税率会有所差异，例如制造业一般为销售额的17%。
3、其他税费：如印花税、房产税等，这些税费的具体金额取决于公司的业务活动和资产情况。
综上，无法直接给出注册一百万的公司实际缴纳的确切税费金额，建议咨询当地的税务局或专业税务顾问，以获取针对公司具体情况的税务指导，他们可以根据公司的业务类型、所在地和具体财务状况，提供准确的税务方案和预计的税费金额。